故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人“奥美迦”化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出“怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。
故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源「龙脉」，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织「蛇」正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织「鵺」将其驱除。女主角-雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为「鵺」的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目……
奥斯卡（田岛令子 配音）是名门之后，由于家中没有男丁，于是从小就被当做男孩养大。十四岁那年，奥地利和法国进行政治联姻，奥地利公主玛丽（上田美由纪 配音）即将嫁给法国王子路易（安原义人 配音），父亲将奥斯卡送入了宫殿侍卫队，赋予了她保护玛丽的重任，只为了家族能够在腥风血雨的宫廷斗争之中拥有自己的一席之地。之后，奥斯卡和玛丽结识了年轻的菲尔逊，两人同时爱上了这位风度翩翩的贵族，然而，菲尔逊选择了玛丽，他对玛丽的爱如此真挚和深沉，奥斯卡将这一切看在眼中，痛苦万分。皇帝去世，路易登基，玛丽因此成为了皇后，而她和菲尔逊之间的韵事已经逐渐无法再隐瞒下去。
预定为OAD三部作，故事设定在智世成为学院的旁听生之前的时间点，斯普利甘带着诡异的马拜访宅邸，并留下了「今次亡灵猎团的样子很奇怪」的信息。另一方面，对身处的环境、与好友分离、陌生的土地感到厌烦的少年加百列，也与魔法使的世界相遇了。
